Клиническое полногеномное секвенирование на платформах MGI DNBSEQ-T7 и DNBSEQ-G400: применение методов низкопокрывного (low-pass), стандартного и глубокого (deep) полногеномного секвенирования

Актуальность. Полногеномное секвенирование (WGS) превратилось в комплексный диагностический метод, отвечающий потребностям таких областей, как репродуктивная медицина, педиатрия, онкология, инфекционные заболевания и популяционная геномика. Хотя платформы Illumina по-прежнему занимают доминирующее положение в сфере клинического секвенирования, системы DNBSEQ от компании MGI Tech, использующие технологию ДНК-наношаров (DNB) и химию комбинаторного синтеза с использованием зондов и якорей (cPAS), получили регуляторное одобрение в ряде стран и все чаще применяются в масштабных программах клинического секвенирования.Обзор. В данном обзоре оценивается клиническое применение WGS на платформах DNBSEQ-T7 и DNBSEQ-G400 при трех уровнях глубины покрытия: низком (~0,1×–5×), стандартном (~30×) и высоком (>60×–100×). Материалы для обзора были собраны на основе индексированных научных публикаций, технической документации производителя и независимых сравнительных исследований, опубликованных в период с 2018 по 2026 год.Основные результаты. Сравнительные исследования с использованием референсных материалов NIST/Genome in a Bottle (GIAB) и клинических образцов показывают, что платформы DNBSEQ-T7 и DNBSEQ-G400 обеспечивают точность выявления однонуклеотидных вариантов (SNV) и малых инсерций/делеций (indel), сопоставимую с показателями системы Illumina NovaSeq 6000. При использовании эквивалентных биоинформатических алгоритмов обработки данных (пайплайнов) показатель конкордантности превышает 0,99 для герминальных SNV и 0,80 для структурных вариантов. К числу валидированных областей клинического применения относятся: неинвазивное пренатальное тестирование (NIPT) на основе внеклеточной ДНК (cfDNA), преимплантационное генетическое тестирование (PGT), экспресс-WGS у детей в критическом состоянии, анализ «опухоль-норма» для выявления соматических вариантов и дефицита гомологичной рекомбинации (HRD), а также масштабные исследования в области популяционной геномики. Сохраняющиеся различия в качестве данных наблюдаются преимущественно в участках с высоким содержанием GC-пар, гомополимерных последовательностях длиной ≥10 п.н. и динуклеотидных повторах; однако эти расхождения в значительной степени устраняются при использовании алгоритмов вызова вариантов на основе глубокого обучения, переобученных с учетом специфики химии DNBSEQ.Заключение. Платформы DNBSEQ-T7 и DNBSEQ-G400 являются эффективными системами для WGS с использованием коротких прочтений в клинической практике при различных уровнях глубины секвенирования; наиболее надежные данные об их эффективности получены в таких сферах, как репродуктивная медицина, диагностика редких заболеваний и онкология. Внедрение этих систем в рутинную практику требует валидации биоинформатических методов с учетом специфических характеристик платформ, а также соблюдения международно признанных стандартов аккредитации лабораторий.