Caractérisation du génome des écrevisses d'eau douce européennes

Les écrevisses d'eau douce constituent un groupe de crustacés décapodes important sur le plan écologique, dont de nombreuses espèces sont menacées. Leur conservation est essentielle pour limiter la perte de biodiversité. Les ressources génomiques sont cependant limitées du fait de leurs très grands génomes riches en répétitions. Dans cette étude, je réponds à ce manque de données génomique en caractérisant le génome des familles d'écrevisses d'eau douce. J'ai identifié une grande proportion d'éléments transposables et d'ADN satellite, avec une teneur en ADN satellite élevée chez les espèces à grands génomes. Je propose une procédure optimisée de séquençage à lecture longue qui produit des données de haute qualité, adaptées à l'assemblage de novo, et réduit les difficultés liées au séquençage de génomes complexes. Enfin, j'ai appliqué les données génomiques à la conservation de l’espèce menacée Austropotamobius bihariensis, soulignant la nécessité de préserver sa singularité génétique.