Characterization of the associations between the broiler meat microbiota and the foodborne pathogen Campylobacter

Campylobacter, pathogène alimentaire majeur, est responsable de nombreuses infections humaines principalement liées à la consommation de volaille. La survie de Campylobacter sur la viande de poulet a longtemps été étudiée en se focalisant principalement sur les facteurs abiotiques influençant sa persistance le long de la chaîne alimentaire, tels que la température, l'oxygène et l'humidité. Cependant, l'influence des facteurs biotiques, en particulier du microbiote, reste largement inexplorée, surtout lors du stockage réfrigéré de la viande. L'objectif principal de cette étude était d'identifier les corrélations positives et négatives entre Campylobacter et les bactéries naturellement présentes dans le microbiote des carcasses de poulets (standards et Label Rouge) pendant le stockage réfrigéré, susceptibles d’influencer la survie de Campylobacter. Pour cela, nous avons étudié l'effet de la réfrigération et du microbiote sur la survie de Campylobacter en distinguant les niveaux de contamination selon la composition du microbiote, et en caractérisant les corrélations microbiennes sous-jacentes grâce à l’inférence de réseau. En parallèle, nous avons appliqué des approches de machine learning, notamment l'algorithme Random Forest, pour évaluer la capacité de ce modèle à prédire la contamination par Campylobacter sur les carcasses, avec pour objectif de pouvoir identifier les lots de poulets à risque, à la fois en fin d'abattage et après conservation.