Spawning migration of the allis shad (Alosa alosa) : effects of hydro-environmental conditions and anthropogenic obstacles on migration dynamics and habitat accessibility

La grande alose (Alosa alosa) est un poisson migrateur anadrome. Les individus passent la majeure partie de leur vie en mer, puis remontent vers les parties médianes et amont des fleuves pour se reproduire. Au cours du siècle dernier, les populations d'aloses ont subi un déclin drastique, particulièrement dans les grands fleuves qui accueillaient des effectifs abondants jusqu'aux années 2000 : la Garonne, la Dordogne et la Loire. L'espèce est considérée en danger critique d'extinction en Europe. Toutefois, une recolonisation récente de certains bassins est observée, tels que la Seine et le Rhin, où l'espèce était absente depuis le début du XXe siècle. Un enjeu majeur des plans de gestion en faveur de l'espèce est d'améliorer les connaissances sur les facteurs impliqués dans ces évolutions. La migration constitue une étape-clé du cycle de vie, les conditions dans lesquelles elle s'effectue ayant une influence déterminante sur le succès reproducteur. Dans ce contexte, cette thèse étudie les effets des conditions hydro-environnementales et des aménagements fluviaux sur la dynamique migratoire et l'accès aux habitats de reproduction. Le premier chapitre de cette thèse analyse l'influence des conditions océaniques et fluviales sur la phénologie de la migration et son évolution au cours des 40 dernières années sur dix cours d'eau situés sur la façade Atlantique française. Le calendrier migratoire apparaît essentiellement contrôlé par la température côtière et la photopériode. Toutefois, l'influence relative de ces facteurs semble différer entre les migrants précoces et tardifs, ce qui a conduit à un étalement de la période migratoire au fil du temps. Le second chapitre étudie l'influence des conditions estuariennes sur la dynamique temporelle de la migration trans-estuarienne. La dynamique migratoire suit un rythme lié au cycle des marées dans les estuaires de la Loire et de la Gironde, où les conditions peuvent être contraignantes en périodes de vives eaux, en raison de faibles concentrations en oxygène dissous, de fortes concentrations en matières en suspension et de vitesses d'écoulement élevées au jusant. En revanche, dans les autres estuaries étudiés (la Seine, la Vilaine et l'Adour), les conditions apparaissent moins contraignantes, et la dynamique migratoire ne suit pas le cycle des marées. Le troisième chapitre porte sur l'étude de la dynamique de migration fluviale par télémétrie acoustique sur l'Oise, un affluent de la Seine fragmenté par sept ouvrages de navigation. Cette étude vise à mieux appréhender le comportement de migration et de reproduction de l'alose dans un environnement navigué. Les résultats indiquent un fort impact cumulé des ouvrages sur l'accessibilité des habitats, et laissent supposer une reproduction forcée à l'aval proche des barrages. Enfin, dans le dernier chapitre, un modèle visant à évaluer l'accessibilité des frayères à partir de la zone côtière pour les aloses en migration a été construit. Il s'appuie sur les résultats des chapitres précédents et sur les connaissances bibliographiques. Ce modèle a permis d'intégrer les effets des dates d'entrée en estuaire, des conditions de migration trans-estuarienne et fluviale, puis d'explorer des scénarios de restauration de la continuité sur l'accessibilité des habitats. Il a été appliqué au bassin de la Seine et à la Charente, où la répartition des aloses est mieux connue, afin de conforter les prédictions à des données d'observation. Cette approche pourrait permettre de hiérarchiser des actions (i) d'amélioration des conditions de franchissabilité des ouvrages pour faciliter l'accès à des zones de reproduction de meilleure qualité et (ii) de restauration d'habitats en aval des ouvrages ou sur des affluents potentiellement favorables.