Cartographie des infections par les herpèsvirus et les papillomavirus humains en France : une perspective Bayésienne moderne

En 1834, Charles Picquet créa une carte choroplèthe indiquant le taux de mortalité dû au choléra par arrondissement à Paris. Quelques années plus tard, en 1839, Joseph-François Malgaigne publia une carte choroplèthe décrivant l'incidence de la hernie au niveau départemental en France métropolitaine, à partir de données collectées en routine. Ces cartes constituent les premières occurrences de cartographie descriptive de maladies pour la France et précèdent celle réalisée par John Snow en 1854, celle-ci étant pourtant généralement considérée comme la carte fondatrice de l'approche spatiale en épidémiologie. Près de deux siècles après les contributions pionnières de Picquet et Malgaigne, cette dissertation poursuit la tradition de l'École de statistique médicale de Paris du XIXe siècle, mise à jour par des méthodes statistiques modernes. Plus spécifiquement, les études rapportées dans cette dissertation visent à explorer l'hétérogénéité spatiale de trois virus sexuellement transmissibles, en France : les virus de l'herpès simplex 1 (HSV-1) et 2 (HSV-2) et le papillomavirus humain (HPV). Ces virus sont responsables d'un important fardeau de santé publique. Les HSV provoquent des infections à vie avec des manifestations symptomatiques telles que l'herpès génital, source d'une susceptibilité accrue au virus de l'immunodéficience humaine. Quant à HPV, il est responsable de la quasi-totalité des cas de cancer du col de l'utérus. Malgré le fardeau de santé publique des infections par ces virus, la France ne dispose pas aujourd'hui d'un système d'information dédié à la surveillance épidémiologique à grande échelle, populationnelle, de ces virus. Cette dissertation vise à combler les lacunes informationnelles découlant de cette absence en fournissant différentes cartes relatives à ces infections. Pour ce faire, elle s'appuie sur les données collectées en routine par un réseau national de laboratoires de biologie médicale. Les données indexées sur des domaines de grande dimension se caractérisent par une faible densité d'échantillonnage, ce qui rend difficile le calcul fiable des métriques d'intérêt. Bien qu'elle n'empêche pas toujours leur calcul, cette faible densité d'échantillonnage génère une incertitude et une variabilité substantielles dans leur estimation. En outre, lorsque les données sont non échangeables des approches statistiques spécifiques doivent être utilisées pour calculer correctement l'incertitude associée à chaque estimation. Pour répondre à ces préoccupations, les études décrites dans cette dissertation s'appuient sur des modèles gaussiens latents. Cette large classe de modèles permet d'encoder les dépendances conditionnelles entre les points de données. Elle permet également d'effectuer un lissage statistique, ce qui permet d'atténuer le problème de l'échantillonnage clairsemé. Le chapitre 1 est consacré à l'estimation de la séroprévalence des infections à HSV-1 et HSV-2 en France à partir de données sérologiques. Il étudie également la séroprévalence de trois autres herpèsvirus humains (varicelle-zona, Epstein-Barr et cytomégalovirus). Le chapitre 2 s'intéresse à la prévalence des HPV oncogènes en France métropolitaine. Il montre en particulier comment la source des données utilisées (dépistage organisé ou opportuniste) influence l'estimation de cette prévalence. Le chapitre 3 examine la variation spatiale de la proportion d'ulcérations génitales causées par HSV-1 et HSV-2. Il suggère que la littérature existante pourrait surestimer la proportion relative d'HSV-2, du fait d'un échantillonnage limité à la région parisienne. Ensemble, ces études fournissent de nouvelles informations sur la répartition spatiale des infections par HSV-1, HSV-2 et HPV. Ces informations peuvent servir de base à de futures études épidémiologiques ou guider la conception et la mise en œuvre d'interventions ciblées dans l'espace, telles que l'augmentation de la fréquence du dépistage HPV.