Établissement des bases épigénétiques, développementales et environnementales de la transposition héréditaire chez Arabidopsis thaliana

Les éléments transposables (ETs) sont des séquences d'ADN mobiles dont l'activité est réprimée par des mécanismes épigénétiques. Cependant, les déterminants de leur mobilisation héréditaire restaient mal compris, entravés par des défis techniques et la létalité des mutants épigénétiques dans la plupart des organismes modèles. Durant ma thèse, j'ai exploité les avantages uniques d'Arabidopsis thaliana pour identifier systématiquement les déterminants moléculaires de la transposition héréditaire. J'ai d'abord mis à l'échelle une méthode d'enrichissement par séquençage (« TE capture ») pour étudier le profil des nouvelles insertions chez des milliers d'individus. En mesurant les taux de transposition dans la lignée germinale de 13 mutants déficients dans les voies de méthylation de l'ADN ou des petits ARNs (sRNAs), j'ai démontré que la méthylation CG est le suppresseur global et dominant de la mobilité des ETs. En revanche, la méthylation non-CG et les sRNAs régulent la mobilisation de manière spécifique à chaque famille d’ET. J'ai démontré que ce contrôle épigénétique est crucial durant le développement floral, où différentes familles d’ETs présentent des fenêtres de mobilisation distinctes. De plus, j'ai étudié l'interaction entre la génétique et l'environnement en exposant 12 fonds épigénétiques à 5 conditions environnementales différentes. Cette analyse a montré que des stimuli environnementaux, comme le choc thermique, sont capables de modifier spécifiquement pour chaque famille d’ET le moment développemental et le taux de transposition. Dans l'ensemble, mon travail fournit un cadre exhaustif pour comprendre la mobilisation héréditaire des TE.