Jonctions d'épissage alternatifs et retrotransposons dans les leucémies aigues myéloides : une source de neoantigènes

Les leucémies aigues myéloïdes (LAM) sont les leucémies aigues les plus fréquentes de l’adulte. Leur incidence est en augmentation et l’âge médian de survenue est de 65 ans mais elles peuvent survenir à tout moment de la vie. Elles sont caractérisées par l’infiltration de la moelle osseuse, le sang et parfois les tissus périphériques par des cellules myéloïdes immatures clonales, les myéloblastes. Le traitement par chimiothérapie intensive ne permet de guérir que 20% des patients. Pour les patients âgés ou avec des comorbidités, la survie médiane de 5 à 10 mois avec des thérapies non curatives impliquant les agents hypométhylants (Azacitidine et Decitabine). Ces dernières années, la connaissance moléculaire de la maladie s’est améliorée et des inhibiteurs spécifiques de certaines mutations ont été intégrés à la prise en charge. Les thérapies cellulaires innovantes comme les cellules CAR-T n’ont donnés que des résultats modérés du fait d’un manque d’identification d’antigènes de surface spécifique pouvant être ciblés.Certains évènements d’épissage non canoniques impliquant des exons et des éléments transposables (ET), des séquences capables de se transposer dans le génome, sont dérégulés dans un contexte carcinomateux. Il a été démontré chez la souris et chez l’homme, que les peptides dérivés de ces jonctions peuvent être présentés sur le complexe d’histocompatibilité des cellules tumorales de façon spécifique. Ces peptides dérivés d’évènements d’épissage non canoniques spécifiques pourraient représenter des cibles thérapeutiques pour des stratégies de vaccinations ou de cellules T modifiées. Les ET, généralement réprimés dans les LAM et réexprimés après traitement par hypométhylants dans de nombreuses lignées cellulaires pourraient également représenter une source de peptides spécifiques de la maladie ciblables dans des stratégies combinatoires.L’objectif de ce travail de thèse était d’identifier de nouveau antigènes tumoraux spécifiques dans les LAM afin d’augmenter les cibles thérapeutiques potentielles. Nous avons caractérisé les évènements d’épissage non canoniques récurrents et spécifiques des cellules de patients atteints de LAM grâce à une analyse transcriptomique. Nous avons sélectionné les évènements d’épissage canoniques et non canoniques les plus récurrents (> 80% des patients) et rares dans les tissus sains. Nous avons ensuite recherché la présence de peptides dérivés de ces jonctions dans une collection de plus de 1000 échantillons d’immunopeptidome de patients atteints de cancer, de lignées cellulaires et de tissus sains. Cela a conduit à l’identification de peptides spécifiques de ces jonctions qui ont ensuite été sélectionnés pour leur spécificité tumorale, leur spécificité au niveau génomique et transcriptomique et leur capacité à lier les molécules HLA les plus fréquentes dans la population française. Dans un second temps, nous nous sommes focalisés sur les ET spécifiquement déréprimés après traitement de trois lignées cellulaires de LAM par des agents hypométhylants. De nouveau, nous avons recherché des peptides spécifiques de ces ET dans les immunopeptidomes tumoraux et sains. Des expériences de validation de la présence de cellules T spécifiques de ces peptides sont en cours chez des patients en rémission de leur maladie, avec comme groupe contrôle des cellules de membres de leur fratrie (futur donneur de cellules souches périphériques). Cela nous permettra de démontrer l’immunogénicité de ces peptides et d’envisager leur utilisation dans des thérapies cellulaires, d’immunothérapie ou des stratégies de vaccinations thérapeutiques et prophylactiques.