Modélisation biophysique révélant la fixation des facteurs de transcription et des nucléosomes sur des molécules d’ADN individuelles

La régulation des gènes chez les eucaryotes dépend d’un équilibre entre facteurs de transcription (FT), nucléosomes et ARN polymérase II (Pol II), qui se disputent l’accès à l’ADN. Grâce à des technologies de molécule unique comme le SMF et Fiber-seq, il est désormais possible d’observer ces interactions au niveau du nucléotide, mais les données de méthylation restent difficiles à interpréter. HiddenFoot est un modèle probabiliste fondé sur la mécanique statistique qui infère quelles protéines occupent chaque position d’une molécule d’ADN en évaluant toutes les configurations thermodynamiquement plausibles. Appliqué à des données de souris, de drosophile et d’humain, il identifie les empreintes de FT, les pauses de Pol II et la variabilité du positionnement des nucléosomes. HiddenFoot distingue aussi la coopération directe entre FT des effets médiés par les nucléosomes. Cette approche offre un cadre clair et interprétable pour comprendre la régulation de la chromatine à haute résolution.