Annoter les données scientifiques par des approches d'intelligence artificielle

Avec l'essor de la science ouverte, de nombreuses données scientifiques provenant des laboratoires de recherche sont partagées et rendues disponibles publiquement. Cependant, ces données sont souvent invisibilisées par manque de métadonnées suffisantes pour les décrire et les réutiliser efficacement.Dans le cadre du projet européen LUMEN, nous présenterons le catalogue de données MDverse dédié aux données de simulations de dynamique moléculaire. Cette technique de simulation intensive est largement utilisée, de la physique des matériaux à la biologie moléculaire, en passant par la conception de nouveaux médicaments.Nous présenterons une méthodologie originale d'annotation des données utilisant de grands modèles de langage. Nous détaillerons les principales bibliothèques Python utilisées, évaluerons les performances obtenues et discuterons des limitations liées à l'usage de ces modèles.

Institutions

Publication Details

Journal
Zenodo (CERN European Organization for Nuclear Research)
Published
2025-12-11
DOI
https://doi.org/10.5281/zenodo.17886764
Primary Topic
Computational Physics and Python Applications
Type
article
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Annoter les données scientifiques par des approches d'intelligence artificielle

Zenodo (CERN European Organization for Nuclear Research)
Computational Physics and Python Applications
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Annoter les données scientifiques par des approches d'intelligence artificielle

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Abstract

Avec l'essor de la science ouverte, de nombreuses données scientifiques provenant des laboratoires de recherche sont partagées et rendues disponibles publiquement. Cependant, ces données sont souvent invisibilisées par manque de métadonnées suffisantes pour les décrire et les réutiliser efficacement.Dans le cadre du projet européen LUMEN, nous présenterons le catalogue de données MDverse dédié aux données de simulations de dynamique moléculaire. Cette technique de simulation intensive est largement utilisée, de la physique des matériaux à la biologie moléculaire, en passant par la conception de nouveaux médicaments.Nous présenterons une méthodologie originale d'annotation des données utilisant de grands modèles de langage. Nous détaillerons les principales bibliothèques Python utilisées, évaluerons les performances obtenues et discuterons des limitations liées à l'usage de ces modèles.

Zenodo (CERN European Organization for Nuclear Research)
Université Paris Cité (FR), Laboratoire de Biochimie Théorique (FR)
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Computational Physics and Python Applications
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