Analyses moléculaires et fonctionnelles du lymphome anaplasique à grandes cellules ALK+ : identification et caractérisation de nouveaux régulateurs impliqués dans la lymphomagenèse

L’étude de l’oncogenèse est complexe et sa modélisation précise à partir de cellules primaires permet à la fois d’en mieux comprendre les déterminants génétiques et moléculaires, et d’identifier les réseaux de régulation génique modifiés au cours de la transformation tumorale. Le lymphome anaplasique à grandes cellules (ALCL) est un lymphome T agressif qui présente dans 60% des cas une translocation chromosomique impliquant la kinase ALK. Le traitement de référence de l’ALCL ALK+ est une poly-chimiothérapie avec un bon taux de réponse de 80% mais associé à 20- 30% de rechutes précoces de mauvais pronostic. Ainsi, mieux caractériser moléculairement cette pathologie et identifier de nouveaux régulateurs associés à la tumorigenèse est nécessaire pour offrir des nouvelles stratégies thérapeutiques alternatives. Dans ce cadre, nous avons fait l’hypothèse que l’activation de ALK par fusion oncogénique induit des changements majeurs dans l’organisation du génome. L’objectif de ce projet de thèse était de cartographier l’activité du génome au cours de l’oncogenèse de l’ALCL ALK+ en combinant des analyses structurales et d’expression. Outre la transcription et l’épigénétique, nous nous sommes intéressés au "timing" de réplication qui définit le moment précis durant le cycle cellulaire où chaque région du génome est répliquée, et qui a été montré comme étroitement lié à l’organisation du génome. En particulier, les cellules cancéreuses ont un timing de réplication altéré et différent de celui des cellules primaires. Un modèle original et unique a été développé au laboratoire et permet de suivre toutes les étapes de transformation cellulaire, du lymphocyte T primaire aux tumeurs in vivo en passant par les étapes de pré-transformation in vitro. Grâce à la technique du CRISPR/Cas9, la translocation chromosomique t(2;5)(p23;q35) codant la fusion NPM1-ALK est induite de façon endogène. En parallèle, le rôle de nouvelles mutations, identifiées chez certains patients au cours de cette étude par séquençage d’exome, a été étudié. Ainsi, ce travail a permis de (i) mettre en évidence l’impact d’une de ces mutations sur la lymphomagenèse, et (ii) montrer que l’intégration des données multi-omiques, générées aux différentes étapes de la lymphomagenèse, a conduit à l’identification de nouveaux facteurs de transcription, qui semblent jouer un rôle au cours de l’oncogenèse et qui n’avaient pas été mis en lumière par de simples analyses transcriptomiques.