Biodiversity of pathogenic flavobacteria in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) and dynamics of infections in selected Slovene fish farms

Namen raziskave je bil preučiti biodiverziteto bakterij iz rodu Flavobacterium in etiologijo flavobakterijskih bolezni pri gojeni šarenki (Oncorhynchus mykiss) v Sloveniji v vseh letnih časih, raziskati vpliv okužbe na zdravje rib s kvalitativno in semikvantitativno oceno patoanatomskih in histopatoloških sprememb, določiti občutljivost flavobakterij za protimikrobna zdravila z uporabo standardizirane mikrodilucijske metode ter analizirati korelacije med temperaturo vode, pH in vsebnostjo raztopljenega kisika ter flavobakterijskimi okužbami. Skupno smo vzorčili 540 šarenk, in sicer v dveh ribogojnicah v okviru longitudinalnega vzorčenja v vseh letnih časih ter v dveh drugih ribogojnicah po prijavi povišanega pogina. V raziskavi smo ugotovili prisotnost znanih patogenov Flavobacterium psychrophilum in Flavobacterium branchiophilum pri 23,7 % oziroma 2,04 % rib ter opisali z okužbo povezane patološke spremembe. Poleg tega rezultati nakazujejo, da lahko vrsti F. hercynium in F. hydatis povzročata patološke spremembe pri ribah. Ugotovili smo tudi številne druge manj znane flavobakterije in identificirali 41 potencialno novih vrst, vendar njihova patogenost še ni pojasnjena. Testiranje protimikrobne občutljivosti (AST) je pokazalo, da so bakterije rodu Flavobacterium večinoma multirezistentne. Visok delež izolatov F. psychrophilum je bil zunaj območja divjega tipa za oksitetraciklin in kinolone