A multiscale approach of the bioremediation of benzo[a]pyrene-contaminated soils by Talaromyces helicus

Les hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) sont des polluants organiques qui posent une problématique environnementale du fait de leur prévalence, de leur faible biodégradabilité et de leurs effets toxiques. La bioremédiation apparaît comme une technique d'assainissement particulièrement prometteuse en raison de son faible coût et de son impact environnemental réduit. Les champignons filamenteux possèdent des voies métaboliques spécifiques permettant la dégradation de molécules complexes telles que les HAP de haut poids moléculaire. Les champignons telluriques non-lignolytiques, tels que Talaromyces helicus, montrent des capacités de dégradation efficaces pour les HAP, en particulier le benzo[a]pyrène (B[a]P). Cependant, les mécanismes de biodégradation et l'interaction entre les microorganismes au cours de la biodégradation sont peu connus. Cette thèse vise à caractériser la souche fongique, à étudier les effets de la bioaugmentation et à analyser l'impact de T. helicus et/ou du B[a]P sur les communautés microbiennes. Pour cela, une approche multidisciplinaire a été adoptée, combinant une étude en microcosmes de sol, en milieux solides et en microfluidique. Le génome séquencé du champignon a fourni un premier aperçu des gènes potentiellement impliqués dans la biodégradation et le transport des HAP. Le dispositif expérimental a permis d'observer de faibles transferts du polluant d’origine à différentes profondeurs du sol, ainsi qu'une faible mobilité du B[a]P dans les hyphes lors de la biodégradation. De plus, une approche par métabarcoding n'a révélé aucune influence de T. helicus et de sa biodégradation du B[a]P sur les communautés microbiennes endogènes du sol. Enfin, aucune mobilité des bactéries sur les hyphes au cours de la biodégradation n'a été démontrée.