Le rôle de l'épigénome dans l'organisation tridimensionnelle de la chromatine chez la tomate

Au cours des dernières années, la dynamique du génome est apparue comme un domaine de recherche clé, en raison de son rôle crucial dans l'élucidation des mécanismes régissant la régulation de l'expression génique. Les travaux sur l'organisation tridimensionnelle (3D) de la chromatine ont révélé une diversité de mécanismes contrôlant le repliement des chromosomes, essentiels tant pour la régulation transcriptionnelle que pour l'adaptation des plantes aux stimuli environnementaux. Malgré ces avancées, les principes fondamentaux régissant l'organisation nucléaire demeurent encore partiellement compris. Une question particulièrement intrigante et non résolue concerne la manière dont les loci génomiques partageant des états transcriptionnels répressifs similaires sont compartimentés dans les noyaux des cellules végétales. Dans cette étude, nous avons intégré des découvertes récentes avec les données établies afin de réactualiser les connaissances sur les facteurs épigénétiques et les éléments régulateurs impliqués dans l'architecture tridimensionnelle du génome et dans la modulation des réponses aux signaux environnementaux. Pour aborder cette question, nous avons utilisé des approches génétiques afin de démontrer que la redistribution des marques d'hétérochromatine facultative vers des régions typiquement occupées par l'hétérochromatine constitutive perturbe la compartimentation nucléaire. Cette réorganisation favorise l'établissement d'interactions chromatiniennes inédites entre les régions riches en gènes et celles riches en éléments transposables (ET). De manière remarquable, nos résultats suggèrent que les caractéristiques épigénétiques, contraintes par les séquences génétiques sous-jacentes, jouent un rôle central dans l'organisation spatiale du génome végétal. L'ensemble de ces résultats met en évidence une interaction complexe entre les facteurs génétiques et épigénétiques régulant l'expression génique dans le contexte de l'organisation tridimensionnelle des génomes. Ils mettent en lumière la complexité des relations entre les déterminants génétiques et les caractéristiques épigénétiques dans la dynamique de l'organisation tridimensionnelle du génome.