Régulation ARNm-spécifique du métabolisme des queues poly(A) chez Arabidopsis : identification d'un élément modulant la taille des queues poly(A)

Les queues poly(A) à l'extrémité 3' des ARN messagers (ARNm) eucaryotes jouent un rôle dans l'exportation de l'ARNm vers le cytoplasme, la traduction et la dégradation. La longueur des queues poly(A) peut être modulée par des régulations complexes. Dans cette étude, une analyse globale in silico a été effectuée en utilisant des données publiquement disponibles pour Arabidopsis thaliana. Notre analyse a révélé une diversité inattendue de profils de queues poly(A) entre des classes ontologiques, telles que les ARNm codant pour des protéines ribosomales, mais aussi entre les ARNm les plus abondants. Pour étudier la régulation ARNm spécifique de la taille des queues poly(A), nous avons développé une méthode ciblée de séquençage Nanopore appelée Nano3'RACE. Nos résultats montrent que des cis-éléments dans les ARNm peuvent moduler la taille de la queue poly(A). En particulier, nous avons identifié un nouvel élément dans la 3'UTR,appelé élément façonnant la queue poly(A) (PSE), qui façonne le profil des queues poly(A) de l'ARNm associé. La régulation de la taille des queues poly(A) par le PSE nécessite à la fois des machineries de déadénylation et de dégradation 5'-3'.