Importance des médiateurs chimiques et microbiens dans la structuration du recrutement corallien

Ces dernières décennies, les écosystèmes coralliens se sont rapidement dégradés à cause d'une augmentation des perturbations environnementales, conduisant à un déclin de leur couverture corallienne. Le recrutement corallien est un processus crucial permettant le renouvellement des populations. Les algues rouges calcifiées encroûtantes (CCA) servent de substrats d'accrochage pour de nombreuses espèces d'invertébrés marins, dont les larves de coraux. Cependant aucun stimulus chimique ou microbien n'a clairement été identifié. À l'inverse, les macroalgues et les cyanobactéries peuvent altérer le recrutement corallien via des composés allélopathiques présents dans la colonne d'eau, mais peu de ces composés ont été identifiés et leur importance écologique reste pour l'heure inconnue. Cette thèse a pour objectif d'identifier les médiateurs chimiques et microbiens structurant le recrutement corallien. Elle démontre que les exsudats des macroalgues et des cyanobactéries induisent un comportement de stress chez les larves de coraux. Ces exsudats sont enrichis en métabolites secondaires et stimulent la croissances de bactéries opportunistes et potentiellement pathogènes. Les métabolites de cyanobactéries (i.e., laxaphycines) réduisent la survie et inhibent le recrutement corallien à des concentrations proches de celles retrouvées autour des patches de cyanobactéries in situ. A l'inverse, les exsudats de CCA induisent un comportement de pré-implantation chez les larves de coraux. Ils sont enrichis en métabolites liés au métabolisme primaire (i.e., glycérophospholipides) et stimulent la croissance de bactéries bénéfiques. À l'aide d'extraits chimiques, cette thèse a permis de mettre en évidence des métabolites (i.e., glycérolipides, polysaccharides) produits par les CCA pouvant avoir un effet positif sur le recrutement corallien. Enfin, les larves étant capables de choisir leur substrat, ces recherches ont pu déterminer si l'habitat proche ensemence le microbiome des recrues au cours de leur développement. La présence de différentes algues n'a pas impacté le microbiome des recrues, et les algues n'ont pas agi comme réservoir bactérien. En combinant techniques de pointe en métabolomique, métabarcoding et écologie chimique, cette thèse aide à mieux comprendre la structuration et le fonctionnement des récifs coralliens, les mécanismes d'interactions entre organismes, et le rôle des bactéries et des biomolécules dans le milieu marin.