Programmes logiques pour déduire des modèles informatiques du développement embryonnaire humain

L’avènement des nouvelles technologies de séquençage sur cellule unique permet aujourd’hui une analyse fine et approfondie des mécanismes de régulation génique impliqués dans le développement embryonnaire humain. Cet avancement ouvre de nouvelles perspectives pour étudier ce processus complexe et encore mal compris. Cette thèse s’intéresse à la modélisation informatique du développement embryonnaire, dans le but de mieux comprendre les mécanismes de régulation génique impliqués. Pour ce faire, nous présentons SCIBORG, une méthode qui infère des réseaux Booléens modélisant des stades de développement d’intérêt. En combinant des interactions géniques issues de connaissances préalables avec l’expression génique observée dans les cellules d’embryons, des modèles Booléens sont appris pour indiquer les mécanismes impliqués dans les stades de développement étudiés. Nous avons appliqué notre méthode à deux stades de développement du trophectoderme et découvert des mécanismes de régulation distincts dans nos modèles. Dans l’ensemble, cette thèse propose une méthode de modélisation des mécanismes de régulation impliqués dans un processus de différenciation cellulaire, offrant ainsi un outil précieux pour l’étude du développement embryonnaire humain.