Développement et implémentation de nouveaux panels de référence pour l'imputation HLA à partir de populations diversifiées pour accélérer les études d'association immunogénétiques

Le Complexe Majeur d'Histocompatibilité (CMH) joue un rôle crucial dans la réponse immunitaire. Les gènes HLA (human leukocyte antigen), situés dans le CMH, codent pour des molécules clés permettant l'activation du système immunitaire en agissant directement sur la présentation des antigènes du soi/non-soi. Les polymorphismes des gènes HLA sont associés à de nombreuses maladies et influencent le devenir des greffes. Pour optimiser l'analyse de ces gènes et améliorer la détection des SNP et des haplotypes, la méthodologie hla-mapper a été développée au Brésil. Cet outil a été utilisé dans notre étude pour corriger les alignements génétiques et réaliser une analyse de séquençage plus précise. En conséquence, il a été possible d'identifier des allèles HLA et des SNP dans diverses populations mondiales, y compris plus de 1,000 échantillons d'une population brésilienne, souvent absente des bases de données internationales. Les données générées ont été utilisées pour créer des panels de référence dans le cadre du Consortium de Référence SNP-HLA (SHLARC). Bien que les méthodes d'imputation ne soient pas aussi précises que le séquençage direct, elles offrent une approche efficace et pratique d'inférer les allèles HLA à partir des SNP dans les études d'association pangénomique. Dans les populations d’origines diverses, telles que la population brésilienne, les modèles incluant des échantillons locaux ont montré de meilleures performances dans la prédiction des allèles HLA, soulignant ainsi l'importance des références multiethniques pour améliorer l'imputation.