Оценка генетической дифференциации линий кур породы белый корниш, используемых при создании мясных кроссов [Evaluation of genetic differentiation of chicken lines used for breeding meat crosses]

The efficiency of meat poultry production depends largely on the success of combining lines to create commercial hybrids to achieve the greatest effect of heterosis. Interbreed crosses are the most popular in the world for poultry meat production. A four-line two-breed cross Smena 9 was created in our country. In its creation, the progeny of crosses between the ancestral lines CM5 (paternal) and CM6 (maternal) of the White Cornish breed are used as the paternal parental form. However, the genetic mechanisms causing differentiation of CM5 and CM6 lines within one breed have not been studied so far. The aim of our work was to identify genomic variants differentiating CM5 and CM6 lines of the White Cornish breed on the basis of full genome sequencing data. After quality control, 10,726,763 single nucleotide polymorphisms localised on 28 autosomes were included in the analysis. Analysis of the genetic relationships of the studied lines showed the consolidation of each line and their clear differentiation from each other. Evaluation of the level of homozygosity did not reveal significant differences between the lines. Non-overlapping genomic regions (3 and 13 loci, respectively), presumably subjected to selection pressure, were identified in the maternal and paternal lines. Annotation of the identified regions revealed the presence of long noncoding RNAs associated mainly with regulatory functions. In the CM6 lineage, the CELF2 gene, expressed in developing and mature tissues, was identified on chromosome 1 and associated with tissue-specific processes in vertebrate embryos. The results obtained indicate a balanced multidirectional selection work that allows efficient utilisation of genetic potential in the creation of broiler cross. Абдельманова А.С., Шахин А.В., Романов М.Н., Коршунова Л.Г., Емануйлова Ж.В. Эффективность мясного птицеводства во многом зависит от успешности сочетания линий при создании товарных гибридов для достижения наибольшего эффекта гетерозиса. В мире для производства мяса птицы наиболее популярны межпородные кроссы. В нашей стране был создан четырехлинейный двухпородный кросс Смена 9. При его создании в качестве отцовской родительской формы используют потомков от скрещивания прародительских линий СМ5 (отцовская) и СМ6 (материнская) породы белый корниш. Однако генетические механизмы, обуславливающие дифференцировку линий СМ5 и СМ6 в рамках одной породы, до настоящего времени не были изучены. Целью нашей работы являлось выявление геномных вариантов, дифференцирующих линии СМ5 и СМ6 породы белый корниш, на основании данных полногеномного секвенирования. После проведения контроля качества в анализ вошло 10 726 763 однонуклеотидных полиморфизмов, локализованных на 28 аутосомах. Анализ генетических взаимосвязей исследуемых линий показал консолидированность каждой линии и четкую их дифференциацию друг от друга. Оценка уровня гомозиготности не выявила значимых отличий между линиями. В материнской и отцовской линиях были идентифицированы непересекающиеся геномные участки (3 и 13 локусов соответственно), предположительно подвергшиеся давлению отбора. Аннотация выявленных регионов показала наличие в них длинных некодирующих РНК, связанных в основном с регуляторными функциями. У линии СМ6 на хромосоме 1 идентифицирован ген CELF2, экспрессирующийся в развивающихся и зрелых тканях, ассоциированный с тканеспецифичными процессами у эмбрионов позвоночных. Полученные результаты свидетельствуют о сбалансированной разнонаправленной селекционной работе, позволяющей эффективно использовать генетический потенциал при создании бройлерного кросса.