Efficiency of five RNA extraction protocols for Grammostola actaeon (Pocock, 1903) small spinneret tissue samples

A otimização sistêmica de protocolos de extração de RNA em aracnídeos não-modelos é indispensável para estudos de expressão gênica, incluindo sequenciamento e análises de transcriptomas. Fiandeiras de Grammostola actaeon (Pocock, 1903) foram utilizadas para avaliar o desempenho de dois reagentes de extração de RNA e três kits comercialmente disponíveis para isolar RNA total de pequenas amostras de tecido eucariótico. O RNA total foi extraído de tecidos de fiandeiras, utilizando duas amostras para cada método. Utilizamos reagentes TRIzol e NucleoZOL, bem como Macherey Nagel (MN) NucleoSpin, MN NucleoSpin XS e Norgen Biotek Corp. A quantificação usando Qubit revelou que NucleoSpin, Norgen e NucleoSpin XS resultaram nos maiores rendimentos de RNA, respectivamente, enquanto a análise Nanodrop classificou Norgen, TRIzol, NucleoSpin, NucleoSpin XS em ordem decrescente. A análise do Bioanalyzer indicou que o MN Nucleospin e o NucleoSpin XS forneceram os melhores resultados para nossas amostras. Embora cada método tenha produzido RNA suficiente para experimentos de RNA-seq, variações na qualidade do RNA entre os métodos indicam diferenças em sua adequação para aplicações específicas. Nossos dados fornecem evidências adicionais de que avaliações baseadas no número de integridade do RNA (RIN) em Grammostola actaeon podem não ser confiáveis para avaliar a qualidade do RNA devido ao fenômeno de perda do intervalo (‘gap deletion’) em artrópodes. O RNA de espécies com 28S rRNA colapsado pode produzir transcriptomas de alta qualidade, sugerindo que as avaliações atuais baseadas em RIN podem não ser confiáveis para avaliar a qualidade do RNA em muitos invertebrados não-modelo. No geral, as diferenças nos resultados dos reagentes/kits de extração de RNA disponíveis comercialmente devem ser consideradas ao selecionar o método de extração de RNA mais apropriado para análise de expressão gênica.