Molecular mechanism on <italic>Huayu Qushi Formula</italic> (化瘀祛湿方) in the treatment of osteoarthritis based on machine learning

<sec> <title>目的</title> 运用网络药理学及机器学习分析化瘀祛湿方治疗骨关节炎（OA）的分子机制。 </sec> <sec> <title>方法</title> 运用TCMSP、UniProt数据库获取化瘀祛湿方药物对应靶基因及GEO数据库获得OA数据集，进而得到化瘀祛湿方与OA交集基因及DEGs，对DEGs进行GO、KEGG、WGCNA及机器学习分析（随机森林、LASSO回归、SVM-RFE）筛选化瘀祛湿方治疗OA特征基因，并使用数据集及qPCR验证表达。 </sec> <sec> <title>结果</title> 共获得123个化瘀祛湿方基因及8492个OA基因，提取两者共同基因108个，最终获得15个DEGs。GO结果主要涉及对细菌来源分子反应、脂多糖等生物过程；涉及浆膜外侧膜、内细胞囊泡膜等细胞组分；涉及整合素及酰胺结合等分子功能。KEGG分析主要与AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路等有关。WGCNA及多种机器学习分析发现特征基因VEGFA。基因芯片验证发现半月板中VEGFA表达低于对照组（<italic>P</italic>=0.00027），而qPCR试验显示在软骨中表达高于对照组（<italic>P</italic>=0.003）。 </sec> <sec> <title>结论</title> 运用网络药理学及多种机器学习方法发现VEGFA作为化瘀祛湿方治疗OA特征基因，可能通过干预VEGFA来改善OA发病，为能更好治疗OA提供新方向。 </sec>