GENETIC ANALYSIS OF TP53 AND CTNNB1 MUTATIONS IN PEDIATRIC MEDULLOBLASTOMA: A STUDY FROM KAZAKHSTAN

Background: Medulloblastoma is the most common malignant pediatric brain tumor, exhibiting significant genetic heterogeneity. Mutations in TP53 and CTNNB1 have been implicated in tumorigenesis, prognosis, and treatment response. However, their precise role in medulloblastoma remains incompletely understood. This study aimed to analyze TP53 and CTNNB1 variants in Kazakhstani pediatric medulloblastoma patients and assess their clinical significance. Methods: A retrospective analysis was conducted on 33 pediatric medulloblastoma cases from 2015 to 2023. Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tumor tissues were used for DNA extraction and Sanger sequencing of TP53 (exons 4, 5, 6, 7, 8) and CTNNB1 (exons 3, 4). Genetic variants were classified using ClinVar, ACMG guidelines, and AMP classification. Statistical associations between mutations, clinical features, and outcomes were assessed. Results: Among 28 successfully sequenced cases, seven TP53 variants were identified: c.214_215delinsTG (p.Pro72Cys), c.215_216delinsGT (p.Pro72Arg), c.300G>A (p.Gln100=), c.356C>G (p.Ala119Gly), c.357C>G (p.Ala119=), c.782+10C>G (splice-region), and c.817C>G (p.Arg273Gly). The p.Pro72Arg variant was significantly associated with metastasis (p = 0.008). The c.356C>G (p.Ala119Gly) variant, previously linked to Li-Fraumeni syndrome, was detected in one case. No variants were found in exons 3 and 4 of CTNNB1. Conclusion: This study highlights the role of TP53 mutations in medulloblastoma progression, particularly their association with metastasis. The absence of CTNNB1 mutations suggests that WNT pathway activation may be rare in this cohort. Further studies with larger sample sizes and functional validation are needed to clarify the prognostic and therapeutic implications of TP53 mutations in pediatric medulloblastoma. Введение: Медуллобластома — самая распространённая злокачественная опухоль головного мозга у детей, характеризующаяся значительным генетическим разнообразием. Мутации в генах TP53 и CTNNB1 играют роль в опухолеобразовании, прогнозе и ответе на лечение. Однако их точная роль при медуллобластоме до конца не изучена. Целью настоящего исследования явилось изучение вариантов TP53 и CTNNB1 у казахстанских детей с медуллобластомой и оценка их клинического значения. Методы: Был проведён ретроспективный анализ 33 случаев детской медуллобластомы за период с 2015 по 2023 год. Для экстракции ДНК и последующего секвенирования по Сэнгеру генов TP53 (экзоны 4, 5, 6, 7, 8) и CTNNB1 (экзоны 3, 4) использовались опухолевые ткани, фиксированные в формалине и залитые в парафин (FFPE). Генетические варианты классифицировались согласно базе данных ClinVar, рекомендациям ACMG и классификации AMP. Статистическая связь между мутациями, клиническими характеристиками и исходами была проанализирована. Результаты: Из 28 успешно секвенированных образцов были выявлены семь вариантов TP53: c.214_215delinsTG (p.Pro72Cys), c.215_216delinsGT (p.Pro72Arg), c.300G>A (p.Gln100=), c.356C>G (p.Ala119Gly), c.357C>G (p.Ala119=), c.782+10C>G (область сплайсинга) и c.817C>G (p.Arg273Gly). Вариант p.Pro72Arg показал значимую ассоциацию с метастазированием (p = 0.008). Вариант c.356C>G (p.Ala119Gly), ранее связанный с синдромом Ли-Фраумени, был выявлен в одном случае. В экзонах 3 и 4 гена CTNNB1 мутаций не обнаружено. Заключение: Данное исследование подчёркивает роль мутаций TP53 в прогрессировании медуллобластомы, в особенности их связь с метастазированием. Отсутствие мутаций в CTNNB1 указывает на редкость активации WNT-пути в данной когорте. Для более точной оценки прогностического и терапевтического значения мутаций TP53 при детской медуллобластоме необходимы дальнейшие исследования с большим числом пациентов и функциональной валидацией. Кіріспе: Медуллобластома — балалар арасында ең жиі кездесетін қатерлі ми ісігі болып табылады және генетикалық тұрғыдан алғанда айтарлықтай әртүрлілікпен сипатталады. TP53 және CTNNB1 гендеріндегі мутациялар ісіктің пайда болуына, болжамына және емге жауап беруіне әсер етуі мүмкін. Алайда, бұл мутациялардың медуллобластома кезіндегі нақты рөлі толық анықталмаған. Осы зерттеудің мақсаты — Қазақстандық балалар арасындағы медуллобластома жағдайларында TP53 және CTNNB1 гендерінің варианттарын талдап, олардың клиникалық маңыздылығын бағалау. Әдістер: 2015 жылдан 2023 жылға дейінгі аралықта балалар арасындағы 33 медуллобластома жағдайына ретроспективті талдау жүргізілді. Формалинмен бекітіліп, парафинге салынған (FFPE) ісік тіндерінен ДНҚ бөліп алынып, TP53 (4, 5, 6, 7, 8-экзондар) және CTNNB1 (3, 4-экзондар) гендеріне Сэнгер секвенирлеуі жүргізілді. Генетикалық варианттар ClinVar дерекқоры, ACMG нұсқаулығы және AMP классификациясы бойынша сипатталды. Мутациялар мен клиникалық көрсеткіштер арасындағы статистикалық байланыстар талданды. Нәтижелер: Сәтті секвенирленген 28 жағдайдың ішінде TP53 генінің келесі жеті варианты анықталды: c.214_215delinsTG (p.Pro72Cys), c.215_216delinsGT (p.Pro72Arg), c.300G>A (p.Gln100=), c.356C>G (p.Ala119Gly), c.357C>G (p.Ala119=), c.782+10C>G(сплайсинг аумағы), және c.817C>G (p.Arg273Gly). p.Pro72Arg варианты метастазбен статистикалық түрде сенімді байланыс көрсетті (p = 0.008). Бұған дейін Ли-Фраумени синдромымен байланыстырылған c.356C>G (p.Ala119Gly) варианты бір науқаста анықталды. CTNNB1 генінің 3 және 4-экзондарында ешқандай мутация табылған жоқ. Қорытынды: Бұл зерттеу TP53 мутацияларының медуллобластоманың өршуіндегі, әсіресе метастазбен байланысындағы рөлін көрсетеді. CTNNB1 мутацияларының болмауы WNTжолының активациясы бұл когортада сирек кездесетінін білдіреді. TP53 мутацияларының болжамдық және терапиялық мәнін нақтылау үшін үлкенірек үлгі көлемімен және функционалдық зерттеулермен қосымша жұмыстар қажет.