OPTIMIZATION OF PCR PARAMETERS FOR AMPLIFICATION OF NEWCASTLE DISEASE VIRUS GENES

This article presents the results of selecting oligonucleotide primers and optimizing conditions for conducting a reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) to detect Newcastle disease virus genes. The choice of target genes is based on the fact that the virus genome determines potential approaches for using it as a vector for antigen delivery in the development of safe and effective vaccines. The virus offers several advantages: it is a type species of the avian orthoavulavirus-1 (AOaV-1) group within the Paramyxoviridae family, possesses an envelope, and has a non-segmented negative-strand RNA genome, which allows for the insertion of foreign genes up to approximately 5 kbp. Three pairs of oligonucleotide primers were selected and synthesized to generate specific PCR products for the targeted genes. The performance of the developed primers was assessed using a typical temperature-time amplification program in the PCR setup. The resulting amplicons were analyzed by electrophoresis on a 1.7% agarose gel with ethidium bromide staining. The designed primers cover the full nucleotide sequences of each gene: M (1095 bp), F (1566 bp), and HN (1751 bp), with the corresponding molecular weights В данной статье представлены результаты по выбору олигонуклеотидных праймеров и оптимизации условий проведения полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) для детекции генов вируса болезни Ньюкасла. Выбор целевых генов вируса обусловлен тем, что в целом геном вируса определяют возможные подходы к использованию его в качестве вектора для доставки антигенов при разработке безопасных и эффективных вакцин и имеет ряд преимуществ: является типовым видом группы птичьего ортоавулавируса-1 (AOaV-1) семейства Paramyxoviridae, имеет оболочку и несегментированный РНК-геном с отрицательной цепью, который позволяет вставлять чужеродные гены (до ~5 т.п.н.). Подобраны и синтезированы 3 пары олигонуклеотидных праймеров для наработки специфических ПЦР продуктов исследованных генов. С помощью постановки полимеразной цепной реакции с использованием типичной программы температурно-временного режима амплификаций были проверены работоспособность разработанных праймеров. Полученные амплификоны были проанализированы с помощью электрофоретического метода на 1,7 %-ном агарозном геле с бромистым этидием. Сконструированные праймеры охватывают нуклеотидную последовательность каждого гена: M, F, HN полностью с соответствующими молекулярными массами: п.о. 1095, п.о. 1566, п.о. 1751.