DIVERSITY OF THE ALPHA VARIANT OF SARS-COV-2 VIRUSES CIRCULATING IN KAZAKHSTAN IN 2021

Despite mass immunization against COVID-19, due to the high rate of spread, as well as the tendency to rapidly change and recombine, the SARS-CoV-2 virus caused several outbreaks (waves) of the disease around the world. Thus, at the end of 2020, WHO announced the emergence of new variants of SARS-CoV-2, which were associated with a new wave of COVID-19 cases. And at the beginning of 2021, sequences of the B.1.1.7 variant, first identified in the United Kingdom (UK) at the end of 2020 and later called the Alpha variant, were registered in several countries. In this regard, Kazakhstan, like other countries, has been conducting molecular genetic studies of SARS-CoV-2 viruses since 2021. To detect the B.1.1.7 variant in Kazakhstan, we used a preliminary screening of viral single nucleotide polymorphism (VirSNP), in particular the N501Y mutation characteristic of the B.1.1.7, B.1.351 and P.1 lineages. Of the 703 positive samples collected from February to May 2021, 321 (45.7%) had the N501Y mutation. The highest number of cases were detected in the populous cities of Almaty and Astana. To identify molecular genetic differences of the Alpha variant in Kazakhstan, we performed whole-genome sequencing using Illumina next-generation sequencing. As a result of sequencing, in addition to the N501Y mutation, we also detected the characteristic B.1.1.7 mutations A570D, P681H and T716I. Additionally, whole-genome sequences from Kazakhstan deposited in GISAID by other researchers were used to determine the genetic diversity of the Alpha variant. Of the 174 SARS-CoV-2 virus sequences obtained, 170 were confirmed to belong to the Alpha variant. Несмотря на массовую иммунизацию от COVID-19, из-за высокой скорости распространения, а также склонности к быстрым изменениям и рекомбинациям, вирус SARS-CoV-2 вызывал несколько вспышек (волн) заболеваемости во всем мире. Так, в конце 2020 года ВОЗ объявила о появлении новых вариантов SARS-CoV-2, с которыми была связана новая волна заболеваемости COVID-19. В начале 2021 года в нескольких странах регистрировались последовательности варианта B.1.1.7, впервые выявленном в Соединенном Королевстве (Великобритания) в конце 2020 года и позже названный вариантом Альфа. В связи с этим Казахстан, как и другие страны, с 2021 году проводит молекулярно-генетические исследования вирусов SARS-CoV-2. Для обнаружения варианта B.1.1.7 в Казахстане использовали предварительный скрининг вирусного однонуклеотидного полиморфизма (VirSNP), в частности мутации N501Y, характерной для линий B.1.1.7, B.1.351 и P.1. Всего из 703 положительных образцов, отобранных с февраля по май 2021 года, 321 (45,7%) имели мутацию N501Y. Наибольшее количество случаев было выявлено для многонаселенных городов Алматы и Астана. Для выявления молекулярно-генетических различий варианта Альфа на территории Казахстана, мы провели полногеномное секвенирование с использованием секвенирования нового поколения Illumina. В результате секвенирования помимо мутации N501Y были также обнаружены характерные B.1.1.7 мутации A570D, P681H и T716I. Дополнительно для определения генетического разнообразия варианта Альфа использовали полногеномные последовательности из Казахстана, депонированные в GISAID другими исследователями. Из 174 полученных последовательностей вируса SARS-CoV-2, для 170 подтверждена принадлежность к варианту Альфа.