Microbial spectrum and their antibiotic susceptibility pattern from patients with sepsis in medical emergency unit of a teaching hospital in Nigeria

Background: Sepsis is among the leading cause of morbidity and mortality worldwide. The study aimed to determine the microbial isolates and their antibiotics susceptibility pattern among patients with sepsis in Lagos University Teaching Hospital. Methodology: It was a cross-sectional hospital-based study carried out in the adult medical emergency unit in patients with clinical diagnosis of suspected sepsis. Clinical samples were obtained and processed according to standard microbiological protocol. Result: Three hundred patients were enrolled, of which 42.3% were male and 53.7% were female. There were (79, 26.3%) participants that showed blood culture positive. The predominant bacterial pathogens isolated from blood cultures were Staphylococcus aureus (23, 29.1%), followed by Klebsiella pneumoniae (15, 19.0%) and Escherichia coli (13, 16.5%). Blood cultures and other specimens such as urine, and wound biopsy showed a similar pattern. Over 50% of the bacterial isolates were resistant to commonly prescribed antibiotics, such as third-generation cephalosporins, penicillin, tetracycline, and erythromycin. Conclusion: The study revealed that Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli were the most common pathogens isolated. The isolates showed high level of resistance to commonly prescribed antibiotics. French title: Spectre microbien et leur modèle de sensibilité aux antibiotiques chez des patients atteints de sepsis dans l'unité d'urgence médicale d'un hospital universitaire au NigériaContexte de l'étude: Le sepsis est l'une des principales causes de morbidité et de mortalité dans le monde. L'étude visait à déterminer les isolats microbiens et leur profil de sensibilité aux antibiotiques chez les patients atteints de sepsis à l'hôpital universitaire de Lagos. Méthode de l'étude: Il s'agit d'une étude transversale réalisée en milieu hospitalier dans le service des urgences médicales pour adultes auprès de patients présentant un diagnostic clinique de suspicion de sepsis. Des échantillons cliniques ont été obtenus et traités selon un protocole microbiologique standard. Résultats de étude: Trois cents patients ont été inclus, dont 42,3 % étaient des hommes et 53,7 % des femmes. Parmi les participants (79, 26,3 %), l'hémoculture était positive. Les pathogènes bactériens prédominants isolés des hémocultures étaient Staphylococcus aureus (23, 29,1 %), suivis de Klebsiella pneumoniae (15, 19,0 %) et d'Escherichia coli (13, 16,5 %). Les hémocultures et d'autres échantillons tels que l'urine et la biopsie de plaie ont montré une tendance similaire. Plus, de 50 % des isolats bactériens étaient résistants aux antibiotiques couramment prescrits, tels que les céphalosporines de troisième génération, la pénicilline, la tétracycline et l'érythromycine. Conclusion: L'étude a révélé que Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae et Escherichia coli étaient les pathogènes les plus fréquemment isolés. Les isolats ont montré un niveau élevé de résistance aux antibiotiques couramment prescrits