Novel risk loci for COVID-19 hospitalization among admixed American populations
The genetic basis of severe COVID-19 has been thoroughly studied, and many genetic risk factors shared between populations have been identified. However, reduced sample sizes from non-European groups have limited the discovery of population-specific common risk loci. In this second study nested in the SCOURGE consortium, we conducted a genome-wide association study (GWAS) for COVID-19 hospitalization in admixed Americans, comprising a total of 4702 hospitalized cases recruited by SCOURGE and seven other participating studies in the COVID-19 Host Genetic Initiative. We identified four genome-wide significant associations, two of which constitute novel loci and were first discovered in Latin American populations ( BAZ2B and DDIAS ). A trans-ethnic meta-analysis revealed another novel cross-population risk locus in CREBBP . Finally, we assessed the performance of a cross-ancestry polygenic risk score in the SCOURGE admixed American cohort. This study constitutes the largest GWAS for COVID-19 hospitalization in admixed Latin Americans conducted to date. This allowed to reveal novel risk loci and emphasize the need of considering the diversity of populations in genomic research.
Authors
- Ericka N. Pompa‐Mera (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-8458-3703)
- Michel F. Martínez‐Reséndez (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4316-3091)
- María-Jesús Artiga (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-0436-8497)
- Celso Arango (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-3382-4754)
- Patricia Pérez‐Matute (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-2232-7971)
- Marta Cortón (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-0087-1626)
- Cristina Carbonell (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-6271-5111)
- Miguel Urioste (ORCID: https://orcid.org/0000-0001-7583-7305)
- Sergio Aguilera (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-3540-1448)
- Eunate Arana‐Arri (ORCID: https://orcid.org/0000-0001-9759-333X)
- André Ducati Luchessi (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-2758-8102)
- Eva Ortega‐Paino
- Guillermo Pita (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-2393-0510)
- Iciar Martínez‐López
- Luís Miguel Real (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-4932-7429)
- Álvaro Tamayo-Velasco (ORCID: https://orcid.org/0000-0001-6202-5420)
- Silviene Fabiana de Oliveira (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-7741-0257)
- María José Herrero (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-6042-4185)
- Esteban J. Parra (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-2057-8577)
- Salvador Resino (ORCID: https://orcid.org/0000-0001-8783-0450)
- Agustı́n Ruiz (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-2633-2495)
- Fernán González Bernaldo de Quirós (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-9052-6684)
- Berta Almoguera (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-5599-2954)
- Inés Quintela (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-0239-7975)
- Mel·lina Pinsach‐Abuin (ORCID: https://orcid.org/0000-0001-7199-512X)
- Augusto Rojas-Martı́nez (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-3765-6778)
- Raquel Cruz
- Moncef Belhassen‐García (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-2230-1256)
- Jose E. Castelao (ORCID: https://orcid.org/0000-0001-7110-1376)
- Manuela Gago-Domínguez (ORCID: https://orcid.org/0000-0001-6713-4351)
- Marı́a Brión (ORCID: https://orcid.org/0000-0001-7463-2148)
- M. Lourdes Cordero-Lorenzana
- Tania Fernández‐Villa (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-9049-3026)
- Javier González‐Peñas (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-3850-3012)
- Fernando Rodríguez‐Artalejo (ORCID: https://orcid.org/0000-0001-9317-5755)
- Ramón Brugada
- Itziar de Rojas (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-2148-381X)
- Mara Parellada (ORCID: https://orcid.org/0000-0001-7977-3601)
- Juan Carlos Souto (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-2092-5142)
- Rocío Eirós (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-9488-2555)
- Pablo Lapunzina (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-6324-4825)
- Francisco Ruiz‐Cabello (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-2247-3293)
- Silvia Diz‐de Almeida (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-2813-8928)
- M. Elena Pérez-Tomás (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-5429-3414)
- Gloria Liliana Porras-Hurtado (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-1193-7184)
- R. Conde (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-6636-5729)
- Pablo Ryan (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4212-7419)
- Anna González‐Neira (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-5421-2020)
- Maria Jesús Arranz (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-6757-9198)
- Carlos Aguilar (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4655-1778)
- Lilian Torres-Tobar (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-1251-2682)
- Joao F. Bezerra
- Javier Ruiz‐Hornillos (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-0008-1678)
- Matilde Bustos (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-2306-9548)
- Antonio Herrero (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-2873-4842)
- Víctor Moreno Cuerda
- José Manuel Soria (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-6226-4293)
- Rosario López‐Rodríguez (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4713-0633)
- Juan Valencia-Ramos (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-6376-1566)
- Zuleima Yáñez (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-3187-8708)
- Juliana F. Mazzeu (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-6161-0510)
- Anabel Liger Borja
- José M. Lorenzo-Salazar (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-5135-2861)
- José A. Riancho (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-0691-8755)
- Juan Carlos Taracido‐Fernández
- Raúl C. Baptista‐Rosas (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-0273-4740)
- Vicente Martín (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-0552-2804)
- Juan Francisco Gutiérrez‐Bautista (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-1374-0756)
- Carlos Flores (ORCID: https://orcid.org/0000-0001-5352-069X)
- Eduardo Tamayo (ORCID: https://orcid.org/0000-0001-8900-0944)
- Vivian Nogueira Silbiger (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-9252-0278)
- Estela Paz‐Artal (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-0646-2375)
- Marta Sevilla Porras
- Ángel Martínez-Pérez (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-5934-1454)
- Virginia Almadana Pacheco (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-3696-6064)
- José María Aguado (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-9520-8255)
- Miguel López de Heredia (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-2826-9565)
- Julián Nevado (ORCID: https://orcid.org/0000-0001-5611-2659)
- José A Rodriguez-Garcia (ORCID: https://orcid.org/0000-0001-6434-5399)
- Carmen Ayuso (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-9242-7065)
- Luís Castaño (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-0437-9401)
- Caridad Martín-López
- Esther Mancebo (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-1535-9062)
- Ruth Zárate (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-8024-021X)
- José Luis Cortés-Sánchez (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4646-9520)
- M. Teresa Darnaude
- Encarna Guillén‐Navarro (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-2915-7381)
- Ãngel Carracedo (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-1085-8986)
- Víctor del Campo-Pérez (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-9424-9653)
- Marianne Rodrigues Fernandes (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-1396-3442)
- Óscar Martínez-Nieto (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-0263-4333)
- María Ángeles Jiménez‐Sousa (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-1945-6169)
- Emilio Rodríguez‐Ruiz (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-1447-877X)
- Jair Tenorio (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-5308-2316)
- María Barreda‐Sánchez (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4728-8174)
- Aurora Pujol (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-9606-0600)
- Alejandro Teper (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-7835-9713)
- Beatriz González Álvarez
- Teresa Perucho (ORCID: https://orcid.org/0000-0001-5825-0166)
- Álvaro Andreu-Bernabeu (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-1467-7341)
- Javier Gómez-Arrue (ORCID: https://orcid.org/0000-0001-9014-6457)
- Alba De Martino (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-2436-9852)
- Uxía Fernández-Robelo
- Ney Pereira Carneiro dos Santos (ORCID: https://orcid.org/0000-0001-8087-7037)
- Enrique J. Calderón (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-3166-5086)
- María Claudia Lattig (ORCID: https://orcid.org/0000-0003-2113-9266)
- María Carmen Fariñas
- Pablo Mínguez
- Pascual Sesma Sánchez
- Elena Domínguez-Garrido
- Aránzazu Díaz de Bustamante
- Núria Álvarez
- Marcos AC Bezerra
- Rafaela González‐Montelongo (ORCID: https://orcid.org/0000-0001-9022-8663)
- Amanda Fernández-Rodríguez
- Patricia Perez
- Soraya Ramiro León
- Lucía Boix-Palop (ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4080-0008)
- Belén Gil-Fournier
- Eleuterio Merayo Macías
- María J Fernandez-Nestosa
Institutions
- Madrid Institute for Advanced Studies (ES)
- Universidad de Valladolid (ES)
- Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats (ES)
- Universidad Complutense de Madrid (ES)
- Universidad de Cantabria (ES)
- Consejo Superior de Investigaciones Científicas (ES)
- Universidade de Brasília (BR)
- Universitat de València (ES)
- Universidad de Los Andes (CO)
- Mexican Social Security Institute (MX)
- University of the Basque Country (ES)
- Universidad de Granada (ES)
- Universidad de Salamanca (ES)
- University of Toronto (CA)
- Universidad de Guadalajara (MX)
- Universidade de Santiago de Compostela (ES)
- Universidad Francisco de Vitoria (ES)
- Universidade Federal de Pernambuco (BR)
- Universitat de Girona (ES)
- Hospital Universitario La Paz (ES)
- Instituto de Salud Carlos III (ES)
- Hospital de Sant Pau (ES)
- Hospital General Universitario Gregorio Marañón (ES)
- Universidade Federal do Rio Grande do Norte (BR)
- Research Institute Hospital 12 de Octubre (ES)
- Biomedical Research Networking Center on Neurodegenerative Diseases (ES)
- Institut d'Investigació Biomédica de Bellvitge (ES)
- Hospital General De Segovia (ES)
- Hospital Universitario Nuestra Señora de Candelaria (ES)
- Centro Médico Nacional La Raza (MX)
- BioCruces Health research Institute (ES)
- Spanish National Cancer Research Centre (ES)
- Hospital Universitario Virgen Macarena (ES)
- Universidad Fernando Pessoa Canarias (ES)
- Centro de Investigación Biomédica en Red de Salud Mental (ES)
- Centro de Investigación Biomédica en Red Diabetes y Enfermedades Metabólicas Asociadas (ES)
- Centro de Investigación en Red en Enfermedades Cardiovasculares (ES)
- Universidad Autónoma de Occidente (MX)
- University Hospital Mútua de Terrassa (ES)
- Centro de Investigación y Desarrollo (ES)
- Marqués de Valdecilla University Hospital (ES)
- Fundação de Apoio à Escola Técnica (BR)
- Hospital Universitario 12 De Octubre (ES)
- Instituto Tecnológico y de Energías Renovables (ES)
- Centro Nacional de Microbiologia (ES)
- Hospital La Paz Institute for Health Research (ES)
- Hospital Universitario de Getafe (ES)
- Ministerio de Salud (AR)
- Centre for Biomedical Network Research on Rare Diseases (ES)
- Center for Research in Molecular Medicine and Chronic Diseases (ES)
- Instituto de Investigación Marqués de Valdecilla (ES)
- Institut d'Investigació Biomèdica de Girona (ES)
- Instituto de Investigación Biosanitaria de Granada (ES)
- Hospital Universitario de Burgos (ES)
- Hospital Universitario Virgen de las Nieves (ES)
- Navarrabiomed (ES)
- Centro Medico Nacional Siglo XXI (MX)
- Hospital El Bierzo (ES)
- Red Espanola de Investigacion en Patologia Infecciosa (ES)
- Cancer Clinic (US)
- Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica (ES)
- Fundació ACE (ES)
- Osakidetza (ES)
- Hospital Universitario Fundación Jiménez Díaz (ES)
- Mútua Terrassa (ES)
- Instituto de Saúde (BR)
- Universidad Simón Bolívar (CO)
- Fundación Santa Fe de Bogotá (CO)
- Fundación Universitaria de Ciencias de la Salud (CO)
- Instituto de Biomedicina de Sevilla (ES)
- Instituto de Investigación Biomédica de Salamanca (ES)
- Instituto de Investigación Sanitaria Aragón (ES)
- Hospital de Cruces (ES)
- Universidad de León (MX)
- Center for Biomedical Research of La Rioja (ES)
- Complexo Hospitalario Universitario A Coruña (ES)
- Universidad San Pablo (MX)
- ERN GUARD-Heart (NL)
- IMDEA Food (ES)
- Universidad de Los Andes (BO)
- Instituto Murciano de Investigación Biosanitaria (ES)
- Servicio Murciano de Salud (ES)
- Hospital Universitario de Valme (ES)
- Instituto de Investigación Sanitaria de Santiago (ES)
- Instituto de Medicina Genómica (ES)
- Hospital Universitario Son Espases (ES)
- Hospital Universitario Virgen del Rocío (ES)
- Fundacion Centro De Investigacion De Enfermedades Neurologicas (ES)
- Centro de Investigación Biomédica en Red de Epidemiología y Salud Pública (ES)
- Hospital Universitari de Girona Doctor Josep Trueta (ES)
- Instituto Aragonés de Ciencias de la Salud (ES)
- Hospital Universitario de Móstoles (ES)
- Hospital Clínico Universitario de Valladolid (ES)
- Hospital Universitario Río Hortega (ES)
- Servicio Gallego de Salud (ES)
- Loyola Medicine (US)
- Complejo Asistencial Universitario de Palencia (ES)
- Hospital Universitario Infanta Leonor (ES)
- Instituto de Investigación Sanitaria La Fe (ES)
- Hospital General de Niños Ricardo Gutierrez (AR)
- Institut de Recerca Sant Pau (ES)
- Universidade Federal do Pará (BR)
- Universidad Autónoma de Madrid (ES)
- Universidad Católica de Murcia (ES)
- Universidad de Sevilla (ES)
- Universidad de Murcia (ES)
- Universidad Nacional de Asunción (PY)
- Universidad de León (ES)
- Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg (DE)
- Tecnológico de Monterrey (MX)
Publication Details
- Journal
- eLife
- Published
- 2024-09-16
- DOI
- https://doi.org/10.7554/elife.93666.3
- Primary Topic
- Liver Disease Diagnosis and Treatment
- Type
- article
- Field-Weighted Citation Impact
- 0.00
Funders
- Banco Santander
- Axencia Galega de Innovación
- Xunta de Galicia
- Instituto de Salud Carlos III
- European Regional Development Fund
- Agencia Estatal de Investigación